Voor onderzoek naar het werk van politie en inlichtingendiensten hanteert Buro Jansen & Janssen altijd verschillende hypothesen. In het onderzoek rond Paul Kraaijer staan de volgende hypothesen en combinatie tussen die hypothesen centraal.

1. Kraaijer was vijfentwintig jaar een infiltrant van de inlichtingendienst. Hij speelde van 1986 tot en met 2010 over allerlei bewegingen informatie door.

2. Kraaijer speelde in vier periodes informatie door aan een inlichtingendienst. In 1986 aan de CID Zwolle, de Criminele Inlichtingendienst, over de bezoekers van zijn stamkroeg. Van 1993 tot en met 1998 aan de BVD over Anti Fascistische Aktie (AFA). En verder een periode eind jaren negentig over het Koerdistan Informatie Centrum en nog later over de dierenrechtenbeweging. In de tussenliggende perioden, 1987 tot en met midden 1993, eind jaren negentig en van midden 2002 tot en met eind 2007 werkte hij niet voor de inlichtingendienst.

3. Kraaijer heeft uit zichzelf informatie gedeeld met de inlichtingendienst in de periode dat hij bij AFA Zwolle actief was, om de ‘slechteriken’ door de dienst in de gaten te laten houden. Als actief lid van Groenlinks is zijn uitgangspunt het parlementaire proces en hij vindt dat confrontaties met extreem rechts vreedzaam moeten verlopen. Het werk voor de geheime dienst ziet hij als een positieve bijdrage aan AFA.

4. Kraaijer heeft een enkele keer informatie doorgegeven aan een inlichtingendienst. Deze incidentele gevallen hebben veel indruk gemaakt op hem en hij leeft in de veronderstelling dat hij als spion voor de dienst heeft gewerkt.

5. Paul Kraaijer heeft het verhaal over zijn werk voor de Inlichtingendienst helemaal uit zijn duim gezogen. Hij is heel actief geweest, kan dat ook ondersteunen door zijn publicaties, artikelen en blogs. De AIVD geeft geen commentaar. Hij bezit overredingskracht en de journalisten hebben zijn verhaal geaccepteerd. Kraaijer zegt dat hij een infiltrant was.

6. De inlichtingendienst heeft te horen gekregen dat Kraaijer zijn verhaal vertelt aan de Telegraaf over zijn vijfentwintig jarige carrière. De dienst besluit om de krant niet in te lichten dat Kraaijer een fantast is of zaken overdrijft. De inlichtingendienst wil hiermee de Telegraaf terugpakken voor het verstoren van de relatie met de dienst.

7. De Inlichtingendienst gebruikt Kraaijer om verwarring te zaaien in de dierenrechtenbeweging en AFA. De dienst wil vooral de Vegan Streaker raken om te laten zien dat ze zijn handel en wandel van dichtbij hebben geobserveerd. Kraaijer is niet actief geweest voor de dienst. Er is nu wel contact geweest met hem en hij krijgt geld voor het vertellen van het verhaal.

8. De AIVD speelt het verhaal van Kraaijer naar buiten om de aandacht af te leiden van andere informanten, infiltranten van wie de dienst verwacht dat die mogelijk in de problemen komen of met betrekking tot eventuele blunders van de dienst. Kraaijer heeft wel contact gehad met de inlichtingendienst in verschillende periodes.

9. De Telegraaf publicatie over Paul Kraaijer moet gezien worden in het kader van de strijd tussen de AIVD, het NCTb (Nationaal Coördinator Terrorisme bestrijding) en de Nationale Recherche (NR). Deze strijd gaat over erkenning, toegang tot informatie, maar ook over geld.
Met de bezuinigingen in zicht wil de NCTb haar werkterrein verruimen naar dierenrechtenactivisme. Erik Akerboom van de NCTb, heeft op een congres in juni 2011 hierop een voorschot genomen. De Nationale Recherche (NR) probeert ook een stukje terrein te veroveren door onderzoek te doen naar Ideologische Misdaad, te vergelijken met het inlichtingenwerk van de AIVD.
De AIVD is bang haar alleenheerschappij op het terrein van buitenparlementaire acties kwijt te raken. De AIVD besluit het verhaal over Kraaijer in te zetten om te laten zien dat de inlichtingendienst over meer kwaliteiten en kennis beschikt dan de NCTb en de NR samen. Kraaijer heeft wel enkele keren contact gehad maar zeer sporadisch. De dienst begeleidt hem.

10. De AIVD heeft wat goed te maken met de Telegraaf. De relatie is onder druk komen te staan door de affaire Heleen de Waal en de gijzeling van journalisten in de affaire rond de BVD stukken over het Amsterdamse criminele milieu. Kraaijer heeft wel een periode informatie verschaft over of AFA of de dierenrechten beweging, maar niet vijfentwintig jaar.